双方可以自行协商，或者委托第三方进行调解，如律师或独立调解员。双方签订的合同中通常会约定仲裁机构和程序。诉讼需要向法院提交起诉状，由法院进行审理并作出判决。至于自然人签订的合同是否有效，法律通常视自然人与法人或其他自然人签订的合同为有效合同。但是有一些特殊情况下可能会存在无效合同，如合同违法、合同违背公序良俗等。
自然人在签订合同后遇到纠纷时可以采取以下措施：
1. 寻求和解：当合同遇到争议时，首先应与对方进行沟通，寻求和解，尽量达成双方都满意的解决方案。
2. 协商调解：如果无法达成和解，可以选择通过协商调解的方式解决争议。双方可以自行协商，或者委托第三方进行调解，如律师或独立调解员。
3. 仲裁：如果协商调解无法解决争议，当事人可以选择将纠纷提交仲裁机构进行仲裁。双方签订的合同中通常会约定仲裁机构和程序。
4. 诉讼：如果仲裁无法解决争议，当事人可以选择提起诉讼。诉讼需要向法院提交起诉状，由法院进行审理并作出判决。
至于自然人签订的合同是否有效，法律通常视自然人与法人或其他自然人签订的合同为有效合同。但是有一些特殊情况下可能会存在无效合同，如合同违法、合同违背公序良俗等。