需要注意的是，具体的补偿方式还需要根据当地的规定和政策进行确定。
驻马店棚户区拆迁自建房补偿的方式主要包括以下几种：
1. 住房补偿款：按照房屋面积、市场价值、居住年限等因素给予一定的补偿款。
2. 住房过渡安置：提供新的住房安置，可以是公租房、经济适用房、新建商品房等。
3. 原址重建：在原有拆迁房屋的地块上重新建设房屋，居民可以选择原址重建。
4. 金钱补偿加建房：按照原有住房的房屋面积、市场价值给予一定金额的补偿，并提供一定的建房资助。
5. 租赁安置：提供租赁房屋或公共租赁住房作为安置方式。
6. 房屋共有产权：将拆迁补偿款用于购买特定楼盘中的住房，作为房屋的共有产权人。
7. 以货币补偿代替安置：居民可以选择放弃安置房的提供，而选择以货币补偿的方式来结束拆迁纠纷。
需要注意的是，具体的补偿方式还需要根据当地的规定和政策进行确定。