如果在补充调查阶段，收集到新的证据可以证明犯罪嫌疑人的罪行，那么检察院可以重新提起起诉或者批捕。在此过程中，公安机关必须进一步调查并补充证据，以满足检察院的要求。总的来说，当检察院认为证据不足时，它通常会要求进一步调查，以确保案件得到更全面的调查和证据支持。如果最后仍然无法收集到足够证据，那么检察院可能会决定不予起诉。
当检察院认为证据不足，不足以支持起诉和批捕时，通常会采取以下几种处理方式：
1. 退回补充调查：检察院可以要求公安机关继续调查，补充收集证据。这通常包括再次询问相关证人、取证、鉴定等等。如果在补充调查阶段，收集到新的证据可以证明犯罪嫌疑人的罪行，那么检察院可以重新提起起诉或者批捕。
2. 不予起诉：如果经过补充调查后，依然证据不足，检察院可以决定不予起诉。不予起诉并不代表被疑罪的人无辜，只是因为证据不足，不足以构成犯罪指控。
3. 提出退查申请：如果检察院认为案件中存在严重不当行为，例如严重违反法律程序、滥用职权等情况，检察院可以退回案件让公安机关自行处理。在此过程中，公安机关必须进一步调查并补充证据，以满足检察院的要求。
总的来说，当检察院认为证据不足时，它通常会要求进一步调查，以确保案件得到更全面的调查和证据支持。如果最后仍然无法收集到足够证据，那么检察院可能会决定不予起诉。