双方在签订合同时可以就管辖法院事项达成一致。总之，确定借款合同纠纷案件管辖法院需要综合考虑合同约定、争议标的地、法律规定等多个因素。如果无法协商达成一致，当事人可以根据具体情况向相关法院提起管辖异议，法院会根据相关法律规定和司法解释来最终确定管辖法院。
借款合同纠纷的管辖法院通常可以根据以下几个因素来确定：
1. 合同约定：借款合同中通常会明确约定纠纷解决的管辖法院。双方在签订合同时可以就管辖法院事项达成一致。
2. 争议标的地：如果合同中没有明确约定管辖法院，一般会根据合同争议的标的地来确定管辖法院。标的地是指合同履行地、借款人住所地或者借款机构经营地等。
3. 专属管辖权约定：有时候合同中会约定某一特定法院具有管辖权，双方必须接受该法院的审判。
4. 纠纷性质和金额：某些地方性法规可能规定特定法院对于特定纠纷性质或金额范围的案件具有专门管辖权，这可能会影响纠纷的管辖法院的选择。
总之，确定借款合同纠纷案件管辖法院需要综合考虑合同约定、争议标的地、法律规定等多个因素。如果无法协商达成一致，当事人可以根据具体情况向相关法院提起管辖异议，法院会根据相关法律规定和司法解释来最终确定管辖法院。