在保管期限届满后，甲公司要求乙公司归还文件，但乙公司以文件丢失为由拒绝归还，引发纠纷。双方可以商讨赔偿方式、赔偿金额等问题，以达成一致。法院将根据合同约定、证据和相关法律规定作出判决。
发生保管合同纠纷时，双方可以通过以下方式解决纠纷：
1. 协商解决：双方可以协商达成一致，通过调节合同内容、增加赔偿金额等方式解决纠纷。
2. 调解解决：如果双方无法在协商中达成一致，可以申请法院或相关调解机构对纠纷进行调解，由调解员在双方的协助下进行调解。
3. 仲裁解决：双方可以选择将纠纷提交仲裁机构进行仲裁，仲裁机构根据合同约定或相关法律规定作出仲裁裁决。
以下是一个保管合同纠纷案例：
案例：甲公司委托乙公司保管一批重要文件，约定保管期限为一年，并支付保管费用。在保管期限届满后，甲公司要求乙公司归还文件，但乙公司以文件丢失为由拒绝归还，引发纠纷。
解决办法：甲公司可以通过以下途径解决纠纷：
1. 调解：首先，甲公司可以与乙公司进行协商和调解，争取通过谈判的方式解决纠纷。双方可以商讨赔偿方式、赔偿金额等问题，以达成一致。
2. 仲裁：如果双方无法在协商中达成一致，甲公司可以向仲裁机构提起仲裁。仲裁机构将根据双方的证据和合同约定，作出是否应该赔偿甲公司的裁决。
3. 诉讼：如果仲裁失败或对方不同意参与仲裁，甲公司可以将纠纷提交法院诉讼。法院将根据合同约定、证据和相关法律规定作出判决。