根据中国法律，当事人可以通过协商一致，在合同中约定将纠纷提交到特定的人民法院进行处理。这样的约定受到法律的保护，并且法院将根据约定进行管辖。但是，根据一些特定情况和法律规定，法院可能会拒绝接受这样的约定，如纠纷涉及重大公共利益、相关法律对管辖权有特殊规定等。因此，在签订合同时，当事人需要与专业律师咨询，以确保约定的有效性和合法性。
股权转让纠纷可以根据当事人的意愿进行约定管辖法院。根据中国法律，当事人可以通过协商一致，在合同中约定将纠纷提交到特定的人民法院进行处理。这样的约定受到法律的保护，并且法院将根据约定进行管辖。但是，根据一些特定情况和法律规定，法院可能会拒绝接受这样的约定，如纠纷涉及重大公共利益、相关法律对管辖权有特殊规定等。因此，在签订合同时，当事人需要与专业律师咨询，以确保约定的有效性和合法性。