企业需要注意留下行政机关答复的证据，以备后续使用。需要准备好起诉状和起诉陈述，并将其提交给人民法院。最终法院会做出判决，判决可能是支持企业的主张，也可能是支持行政机关的主张。如果行政机关不履行判决，企业可以通过司法程序强制执行。
企业如果想要进行行政诉讼，需按照以下步骤进行：
1. 办理法律咨询：企业首先可以咨询律师或法律专业人士，了解自己的法律权益，以及行政诉讼的相关法律程序和要求。
2. 准备材料：企业需要准备相关的证据材料，包括但不限于与案件有关的文件、合同、协议、证明等。
3. 提起行政申诉：企业可以向行政机关提出申诉，要求行政机关重新审查、决定或改变原来的行政行为。企业需要写一份申诉状，陈述自己的诉求和理由，并附上相关证据材料。
4. 被告答辩：行政机关在收到申诉后会进行答复。企业需要注意留下行政机关答复的证据，以备后续使用。
5. 起诉法院：如果行政机关对申诉不予受理，或者不能满足企业的合理请求，企业可以向人民法院提起行政诉讼。需要准备好起诉状和起诉陈述，并将其提交给人民法院。
6. 审理和判决：法院会根据企业和行政机关的诉辩意见，进行调查和审理，听取双方的证据和辩论。最终法院会做出判决，判决可能是支持企业的主张，也可能是支持行政机关的主张。
7. 履行判决：如果法院支持企业的主张，行政机关需要履行判决，并采取必要措施改正违法行为。如果行政机关不履行判决，企业可以通过司法程序强制执行。
需要注意的是，行政诉讼的具体程序可能因地区而异，企业在具体操作前最好咨询相关的法律专业人士，并了解当地的行政诉讼规定。